Με την είδηση της έναρξης της Ελληνικής Επανάστασης στην ηπειρωτική και νησιωτική Ελλάδα, οι χριστιανοί της Κρήτης άρχισαν να οργανώνονται για να κηρύξουν επανάσταση στο νησί. Ένα από τα σπουδαιότερα επαναστατικά κέντρα ήταν η επαρχία Σφακίων στο νοµό Χανίων. Από τις 21 Μαΐου 1821 είχε ιδρυθεί η «Καγκελλαρία των Σφακίων». Στις 27 ή 29 Μαΐου 1821 συγκεντρώθηκαν στη Θυµιανή Παναγιά στα Σφακιά οπλαρχηγοί από τα Σφακιά και τις γύρω επαρχίες και κήρυξαν επίσηµα την Επανάσταση στην Κρήτη.

Στις 14 Ιουνίου 1821, ο γενίτσαρος Ταμπουρατζής ξεκίνησε από τα Χανιά με 60 Οθωμανούς στρατιώτες για να επιτεθεί στα χωριά της περιοχής των Κεραµειών. Στο χωριό Λούλος όµως τους επιτέθηκαν 40 χριστιανοί επαναστάτες από τα ριζίτικα και τα σφακιανά χωριά µε επικεφαλής τον οπλαρχηγό Ιωάννη Χάλη. Μετά από σκληρή µάχη, οι στρατιώτες υποχώρησαν αφήνοντας πίσω τα όπλα τους, που πέρασαν στα χέρια των επαναστατών. Οι επαναστάτες τούς ανάγκασαν να υποχωρήσουν µέχρι κάτω στον κάμπο των Χανίων, στο χωριό Νεροκούρου. Στη µάχη του Λούλου σκοτώθηκαν οκτώ Οθωµανοί στρατιώτες, µεταξύ των οποίων και ο επικεφαλής τους.

Στις 15 Ιουνίου 1821, ως εκδίκηση για την ήττα την προηγούµενη ηµέρα στο χωριό Λούλος από τους επαναστάτες και στο πλαίσιο των διαταγών από την Κωνσταντινούπολη για γενική κινητοποίηση εναντίον των χριστιανών, οι Οθωμανοί έκλεισαν τις πύλες της πόλης των Χανίων για να µην µπορεί να φύγει κανείς και ξεκίνησε σφαγή των χριστιανών. Περίπου τριακόσια ήταν τα θύµατα, άνδρες, γυναίκες και παιδιά. Ως απάντηση στη σφαγή, χριστιανοί γύρω χωριών (Θέρισο, Πρασές, Βάµος) σκότωσαν τους χωροφύλακες των χωριών τους και οι µουσουλµάνοι της υπαίθρου άρχισαν να συγκεντρώνονται στις περιτειχισµένες πόλεις, στα Χανιά και στη νησίδα της Σούδας.

Στις 17 Ιουνίου, οι Οθωμανοί στρατιώτες βγήκαν από το φρούριο των Χανίων, κατέλαβαν το χωριό Καλύβες απέναντι από το λιμάνι της Σούδας και ενίσχυσαν τον κοντινό πύργο του Αληδάκη στο χωριό Εμπρόσνερος. Επαναστάτες από τα Σφακιά, τον Αλίκαμπο και τα άλλα χωριά του Αποκόρωνα επιτέθηκαν στους στρατιώτες και μετά από μάχη που έγινε κοντά στο χωριό Τσιβαράς τους έτρεψαν σε φυγή. Πολλοί σκοτώθηκαν, άλλοι έφυγαν προς τα Χανιά ή έπεσαν στη θάλασσα για να σωθούν. Οι νικητές αποκόμισαν όπλα και πολεμοφόδια και το ηθικό τους ανέβηκε. Το επόμενο διάστημα, οι εξορμήσεις των στρατιωτών προς την επαρχία των Χανίων αποκρούονταν από τους επαναστάτες.

Όπως και στα Χανιά, έτσι και στο Ρέθυμνο με το άκουσμα της Επανάστασης οι μουσουλμάνοι της πόλης, στο πλαίσιο και των διαταγών από την Κωνσταντινούπολη για γενική κινητοποίηση εναντίον των χριστιανών, ξεκίνησαν σφαγές των άμαχων χριστιανών, οι οποίες επεκτάθηκαν και στα γύρω χωριά της επαρχίας Ρεθύμνου. Αναφέρονται πάνω από εκατό θύματα μέσα στην πόλη και δεκάδες στα Περιβόλια, τον Μαρουλά και αλλού.

Οι Οθωμανοί στρατιώτες του Ρεθύμνου βγήκαν από το φρούριο για να καταστείλουν την επανάσταση στην ύπαιθρο. Μεταξύ αυτών, διακόσιοι ένοπλοι υπό τον Ισμαήλ Κουντούρη προσπάθησαν να διαλύσουν τους επαναστάτες στην επαρχία Αγίου Βασιλείου, απ’ όπου θα κινούνταν και οι Σφακιανοί. Οι επαναστάτες, Ρεθύμνιοι, Αγιοβασιλίτες και Σφακιανοί επικράτησαν στη μάχη. Οι στρατιώτες υποχώρησαν αφού είχαν πολλές απώλειες, μεταξύ των οποίων ο ίδιος ο Κουντούρης, ο θάνατος του οποίου κλόνισε τους μουσουλμάνους.

Στις 23 Ιουνίου, οθωμανικά στρατεύματα βγήκαν από το φρούριο των Χανίων με σκοπό να διαλύσουν τις βάσεις των επαναστατών στο Θέρισο και τους Λάκκους, στα Λευκά Όρη. Οι επαναστάτες όμως με μεγάλη αυτοθυσία υπεράσπισαν τις θέσεις τους, κατάφεραν να τρέψουν τους επιτιθέμενους σε φυγή και να αποκομίσουν πολλά όπλα και άλλα λάφυρα.

Οι χριστιανοί επαναστάτες στις 20 Ιουνίου 1821 επιτέθηκαν στους Αμπαδιώτες μουσουλμάνους που ζούσαν στην επαρχία Αμαρίου Ρεθύμνου. Οι Αμπαδιώτες μιλούσαν μια δική τους διάλεκτο, θεωρούνταν ιδιαίτερα σκληροτράχηλοι και υπάρχουν διάφορες θεωρίες για την καταγωγή τους. Μετά από σκληρή μάχη, οι επαναστάτες εξουδετέρωσαν τους Αμπαδιώτες μαζί με τον αρχηγό τους, τον Δελημουσταφά.

Στις 4 Ιουλίου 5.000 Οθωμανοί στρατιώτες των Χανίων εκστράτευσαν προς τα Λευκά Όρη να καθυποτάξουν τους επαναστάτες στα ορεινά χωριά. Στην είσοδο όμως του φαραγγιού του Θερίσου, στη θέση Καμπιά, τους αντιμετώπισαν με επιτυχία οι επαναστάτες και μετά από αντεπίθεση τους έτρεψαν σε φυγή. Οι επαναστάτες αποκόμισαν από τη μάχη αυτή πλούσια λάφυρα σε πολεμοφόδια και άλλα είδη.

Τη νύχτα της 23ης προς 24η Ιουνίου 1821 έφτασε στο Ηράκλειο η είδηση της έκρηξης της Ελληνικής Επανάστασης και των σφαγών των χριστιανών στην Κωνσταντινούπολη και αλλού και ο όχλος των μουσουλμάνων ξεκίνησε σφαγές αμάχων μέσα στην πόλη του Ηρακλείου. Έως 800 θύματα αναφέρονται, μεταξύ των οποίων ο μητροπολίτης και άλλοι επίσκοποι. Πολλά θύματα υπήρξαν τις επόμενες ημέρες και στα γύρω χωριά.

Μετά τις σφαγές των χριστιανών στο Ηράκλειο, ξεκίνησαν διώξεις σε όλη την ανατολική Κρήτη. Το χειρότερο επεισόδιο συνέβη στον Άγιο Γεώργιο Σητείας, όπου ο τοπικός αγάς Αφεντακάκης λέγεται πως μάζεψε 300 χριστιανούς στον πύργο του και τους κατέσφαξε.

Χιλιάδες Οθωμανοί στρατιώτες από το Ηράκλειο και το Ρέθυμνο με επικεφαλή τον Καούνη εκστράτευσαν προς τα Σφακιά για να καταπνίξουν την επαναστατική εστία. Οι επαναστάτες τους επιτέθηκαν έξω από το χωριό Ασκύφου και τους έτρεψαν σε φυγή μέσα στο φαράγγι του Κατρέ, όπου είχαν πολλά θύματα και εγκατέλειψαν πίσω τους όπλα, ζώα και πολλά άλλα λάφυρα.

Στα τέλη Ιουλίου 1821 ο Σερίφ πασάς του Ηρακλείου και ο Οσμάν πασάς του Ρεθύμνου εκστράτευσαν στον Αποκόρωνα για να διαλύσουν τους επαναστάτες και να λύσουν την πολιορκία των κάστρων των Χανίων και της Σούδας. Μετά από πολυήμερες μάχες, οι επαναστάτες αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν και οι Οθωμανοί προέβησαν σε αγριότητες εναντίον των χριστιανών κατοίκων της επαρχίας Αποκορώνου.

Μετά τη διάλυση του επαναστατικού στρατοπέδου στον Αποκόρωνα, οι Οθωμανοί υπό τον Οσμάν πασά του Ρεθύμνου προχώρησαν στην επαρχία Σφακίων. Οι Σφακιανοί για να σωθούν, υποχώρησαν στα φαράγγια της περιοχής και στη Γαύδο ενώ οι Οθωμανοί κατέστρεψαν τα εγκαταλειμμένα χωριά όπως το Ασκύφου, την Ίμπρο, τη Χώρα Σφακίων και την Ανώπολη. Μετά από αυτήν την εκστρατεία, ο Οσμάν πασάς έστειλε γράμμα στον Σουλτάνο πως κατέπνιξε την επανάσταση στην Κρήτη.

Με εντολή του Μιχαήλ Κομνηνού Αφεντούλιεφ, που είχε αναλάβει την αρχηγία της Ελληνικής Επανάστασης στην Κρήτη, επαναστατικά σώματα από τα Σφακιά εκστράτευσαν στην επαρχία Σελίνου. Το Σέλινο κατοικούνταν από πολλούς μουσουλμάνους, που θεωρούνταν οι γενναιότεροι της Κρήτης. Τα επαναστατικά σώματα πέρασαν μέσα από το φαράγγι της Σαμαριάς και εισέβαλαν στα χωριά του Σελίνου με αποτέλεσμα οι μουσουλμάνοι να κλειστούν στην οχυρωμένη Κάντανο.

Οι Οθωμανοί στρατιώτες του Ηρακλείου κατέλαβαν τα χωριά Φουρφουράς και Βιζάρι της επαρχίας Αμαρίου. Οι επαναστάτες στρατοπέδευσαν στην απέναντι όχθη του Πλατύ ποταμού, στα χωριά Μοναστηράκι, Αμάρι και Μέρωνα. Στις 10 Φεβρουαρίου, οι στρατιώτες πέρασαν το ποτάμι και επιτέθηκαν στους επαναστάτες στο Μοναστηράκι αλλά απωθήθηκαν με μεγάλες απώλειες και πολλοί πνίγηκαν στα νερά του ποταμού.

Σώματα επαναστατών υπό την διοίκηση του Γάλλου Ζοζέφ Βαλέστ (Joseph Baleste) επιχείρησαν να εισβάλουν στο φρούριο του Ρεθύμνου παρασύροντας τους υπερασπιστές του σε μάχη έξω από τα τείχη. Ο κακός συντονισμός και διαφωνίες μεταξύ των επαναστατών οδήγησαν σε αποτυχία της επιχείρησης, κατά τη διάρκεια της οποίας σκοτώθηκαν αρκετοί και μαζί τους και ο ίδιος ο Βαλέστ.

Η Συνέλευση των Αρμένων ή Γενική Συνέλευση των Κρητών συγκλήθηκε στις 11 Μαΐου 1822 μετά την αποστολή του Πέτρου Σκυλίτση-Ομηρίδη από το Υπουργείο Εσωτερικών της πρώτης επαναστατικής διοίκησης, προκειμένου να οργανώσει τη διοίκηση της Κρήτης. Στη συνέλευση μετείχαν σαράντα ένας πληρεξούσιοι επαρχιών της νήσου, οι οποίοι ψήφισαν το Προσωρινόν Πολίτευμα της Κρήτης (Οργανικός Νόμος), έχοντας ως υπόδειγμα το πρώτο συνταγματικό κείμενο της επαναστατημένης χώρας, το Προσωρινό Σύνταγμα της Ελλάδος που ψήφισε η Α΄ Εθνοσυνέλευση στην Επίδαυρο.

Στις 28 Μαΐου φάνηκε στον κόλπο της Σούδας ο αιγυπτιακός στόλος που έστειλε, μετά από αίτημα του σουλτάνου, ο πασάς της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή για να καταστείλει την επανάσταση στην Κρήτη. Αποβιβάστηκαν ως δέκα χιλιάδες στρατιώτες και πεντακόσιοι ιππείς με επικεφαλής τον Χασάν πασά.

Οι επαναστάτες προσπάθησαν να πλήξουν τα αιγυπτιακά στρατεύματα προτού αυτά καταφέρουν να εκστρατεύσουν μέσα στο νησί. Στα Τσικαλαριά, έξω από το λιμάνι της Σούδας έγινε πεισματώδης ολοήμερη μάχη στην οποία συμμετείχαν επαναστάτες από όλο σχεδόν το νομό Χανίων. Ο Χασάν πασάς, εκτός των αιγυπτιακών στρατευμάτων, συγκέντρωσε τους Οθωμανούς στρατιώτες των Χανίων αλλά και από τις επαρχίες Σελίνου και Κισάμου. Οι επαναστάτες αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν στη Μαλάξα, προς τους βόρειους πρόποδες των Λευκών Ορέων όπου ήταν η βάση τους και την επόμενη ημέρα να φύγουν ψηλότερα, στους Κάμπους. Οι Αιγύπτιοι κατέλαβαν τη Μαλάξα και στρατοπέδευσαν στον Κλαδισό, έξω από τα Χανιά.

Ο οθωμανικός στρατός ήταν στρατοπεδευμένος στο χωριό Τυμπάκι για να ελέγχει την πεδιάδα της Μεσαράς και τα χωριά νότια του Ψηλορείτη. Οι επαναστάτες μετά από πεισματώδεις μάχες κατάφεραν να απελευθερώσουν το νότιο Ηράκλειο και να διώξουν τους Οθωμανούς στρατιώτες, οι οποίοι οχυρώθηκαν στο χωριό Αγία Βαρβάρα.

Μετά την εκδίωξη του από την πεδιάδα της Μεσαράς, ο Οθωμανικός στρατός στράφηκε προς τον Ψηλορείτη με στόχο το χωριό Ανώγεια. Ο Οθωμανικός στρατός κατέστρεψε και λεηλάτησε το χωριό για πολλές ημέρες ενώ οι κάτοικοι κρύφτηκαν στις κορυφές του Ψηλορείτη. Μετά την καταστροφή των Ανωγείων, οι Οθωμανοί στρατιώτες επέστρεψαν στην Αγία Βαρβάρα.

Οι επαναστάτες αποφάσισαν να χτυπήσουν τις δυνάμεις του Σερίφ πασά του Ηρακλείου που είχαν καταστρέψει τα Ανώγεια και για το λόγο αυτό έκαναν αντιπερισπασμό στο χωριό Κρουσώνας της επαρχίας Μαλεβιζίου Ηρακλείου. Οι Οθωμανοί στρατιώτες που κατέφθασαν, περικυκλώθηκαν μέσα στο χωριό και εξοντώθηκαν από τους επαναστάτες.

Ο οθωμανικός στρατός, που συμπεριλάμβανε τα ντόπια στρατεύματα και τους Αιγυπτίους στρατιώτες, ξεκίνησε εκστρατεία προς τα ορεινά των Λευκών Ορέων για να εξουδετερώσει τις επαναστατικές εστίες. Παρά τη μεγάλη αντίσταση που συνάντησαν, τα οθωμανικά στρατεύματα κατάφεραν να εισβάλουν και να καταστρέψουν τα χωριά Λάκκοι, Θέρισο και άλλα στη βόρεια πλευρά της οροσειράς των Λευκών Ορέων.

Στις 23 ή 24 Σεπτεμβρίου έφτασε στον κόλπο της Σούδας, όπου υπήρχε το ομώνυμο φρούριο, τμήμα του οθωμανικού στόλου που είχε ξεκινήσει από την Κωνσταντινούπολη και είχε περάσει από την Πελοπόννησο.

Στις 30 Σεπτεμβρίου καταφθάνει ο υπόλοιπος οθωμανικός στόλος και ο στρατός που αποβιβάζεται μαζί με τοπικά οθωμανικά στρατεύματα εκστρατεύει προς τον Αποκόρωνα και από κει στα Λευκά Όρη με στόχο να φτάσει στα Σφακιά. Όμως μετά από ισχυρή αντίσταση των επαναστατών στο χωριό Μελιδόνι, ο οθωμανικός στρατός υποχρεώνεται να υποχωρήσει.

Τα αιγυπτιακά στρατεύματα μετέφεραν στην Κρήτη τον ιό της πανώλης που προκάλεσε πανδημία στις πόλεις. Οι πόλεις ήταν οχυρωμένες και μέσα στα τείχη είχαν συνωστιστεί οι μουσουλμάνοι του νησιού υπό την προστασία του οθωμανικού στρατού. Η πανώλη προκάλεσε μεγάλες απώλειες στον άμαχο πληθυσμό, ειδικά στην πόλη του Ρεθύμνου.

Ο γενικός έπαρχος Κρήτης Μιχαήλ Αφεντούλιεφ είχε αναλάβει την αρχηγία της επανάστασης από το φθινόπωρο του 1821, ως απεσταλμένος του Δημήτριου Υψηλάντη. Η σχέση του Αφεντούλιεφ με τους Κρητικούς επαναστάτες δεν υπήρξε αρμονική και μετά τον κίνδυνο που έφερε η αιγυπτιακή επέμβαση φαίνεται πως ο ίδιος επιθυμούσε να παραιτηθεί. Τελικά η Προσωρινή Διοίκηση της Κρήτης τον απάλλαξε από τα καθήκοντά του τον Νοέμβριο του 1822.

Στα ανατολικά του νησιού, οι επαναστάτες αποφάσισαν να κυριεύσουν το φρούριο της Ιεράπετρας, το οποίο ήταν μεν μικρό αλλά είχε σημαντικό πλούτο. Όμως η κακή οργάνωση της πολιορκίας είχε ως αποτέλεσμα η οθωμανική φρουρά να προετοιμαστεί κατάλληλα και να αποκρούσει τις επιθέσεις των επαναστατών.

Οι αιγυπτιακές δυνάμεις υπό τον Χασάν πασά εκστράτευσαν από προς το χωριό Κριτσά στο Λασίθι όπου είχαν συγκεντρωθεί οι δυνάμεις των επαναστατών στην ανατολική πλευρά της Κρήτης. Μετά από σφοδρή μάχη, οι επαναστάτες αποφάσισαν να εγκαταλείψουν την Κριτσά και την επόμενη ημέρα ο αιγυπτιακός στρατός κατέστρεψε το χωριό.

Μετά την καταστροφή του χωριού Κριτσά και την υποχώρηση των επαναστατικών δυνάμεων, οι αιγυπτιακές δυνάμεις υπό τον Χασάν πασά κατάφεραν να εισχωρήσουν στο Οροπέδιο Λασιθίου και να καταστρέψουν τα χωριά του σκοτώνοντας και αιχμαλωτίζοντας πολλούς άμαχους κατοίκους.

Οι επαναστάτες στο νομό Χανίων αποφάσισαν να εκστρατεύσουν στις επαρχίες Κισάμου και Σελίνου και να εκδιώξουν τους μουσουλμάνους, πριν την άφιξη του νέου διοικητή Εμμανουήλ Τομπάζη. Η εκστρατεία ξεκίνησε στις 3 Φεβρουαρίου 1823 και γρήγορα η επαρχία Κισάμου καταλήφθηκε από τις επαναστατικές δυνάμεις. Οι μουσουλμάνοι κλείστηκαν στα φρούρια του Καστελίου Κισάμου και της νησίδας Γραμβούσας, ενώ πολλοί έχασαν τη ζωή τους προσπαθώντας να ξεφύγουν και να φτάσουν στα Χανιά.

Πολλοί κάτοικοι της περιοχής μετά τις καταστροφές στην Κριτσά και το Οροπέδιο Λασιθίου, κατέφυγαν σε ένα μεγάλο σπήλαιο στην περιοχή της Μιλάτου. Ο αιγυπτιακός στρατός πολιόρκησε το σπήλαιο ενώ οι επαναστατικές δυνάμεις δεν κατόρθωσαν να λύσουν την πολιορκία. Μετά από πολλές ημέρες, οι πολιορκημένοι παραδόθηκαν και άλλοι από αυτούς εκτελέστηκαν και άλλοι αιχμαλωτίστηκαν και υποδουλώθηκαν.

Οι επαναστάτες αποφάσισαν να περιορίσουν τις εκστρατείες του οθωμανικού στρατού από το Ηράκλειο. Για το λόγο αυτό συγκεντρώθηκαν από τον Μυλοπόταμο, το Μαλεβίζι, τα Ανώγεια και τη Μεσαρά και τη Μεγάλη Παρασκευή επιτέθηκαν στα οθωμανικά στρατεύματα στο Γάζι. Στη μάχη που ακολούθησε, είχαν απώλειες και οι δύο πλευρές.

Οι επαναστατικές δυνάμεις υπό τον Νεόφυτο Οικονόμου, εν αναμονή της άφιξης του Εμμανουήλ Τομπάζη, είχαν πολιορκήσει στενά το φρούριο Καστέλι της Κισάμου από ξηρά και θάλασσα. Τη Δευτέρα του Πάσχα του 1823 προκάλεσαν την πολιορκημένη φρουρά, η οποία εξήλθε και ακολούθησε σκληρή μάχη, ενώ τα πλοία στον κόλπο της Κισάμου κανονιοβολούσαν το φρούριο.

Στις 20 Μαΐου 1823 έφτασε στην Κρήτη, στον κόλπο της Κισάμου, ο Υδραίος Εμμανουήλ Τομπάζης με έναν στόλο οκτώ πλοίων, ενισχύσεις και κανόνια. Ο Τομπάζης είχε διοριστεί από την Κεντρική Διοίκηση της Ελληνικής Επανάστασης «Αρμοστής της νήσου Κρήτης» στις αρχές Μαΐου. Αμέσως ανέλαβε τα καθήκοντά του ως και οργάνωσε την πολιορκία του φρουρίου Καστελίου Κισάμου.

Το φρούριο της Κισάμου βρισκόταν υπό πολιορκία από τις αρχές Φεβρουαρίου. Μετά την άφιξη του Τομπάζη, οι οθωμανικές αρχές διαπραγματεύτηκαν την παράδοση του φρουρίου και την ασφαλή μεταφορά των 600 μουσουλμάνων που είχαν απομείνει στο Καστέλι στο φρούριο των Χανίων. Για πρώτη φορά στην Κρήτη υψώθηκε σε φρούριο η ελληνική σημαία.

Μετά την παράδοση του φρουρίου Καστελίου Κισάμου, οι επαναστατικές δυνάμεις εκστράτευσαν στην επαρχία Σελίνου. Οι μουσουλμάνοι της επαρχίας συγκεντρώθηκαν στην Κάντανο και πρόβαλαν αντίσταση. Κατά τη διάρκεια διαπραγματεύσεων για την παράδοσή τους, οι μουσουλμάνοι του Σελίνου ξεκίνησαν να πάνε στα Χανιά αλλά δέχτηκαν επίθεση από τους επαναστάτες στο χωριό Σέμπρωνας ως τον ποταμό Βαλσαμιώτη και πολλοί σκοτώθηκαν και αιχμαλωτίστηκαν.

Ο Αρμοστής της Κρήτης Εμμανουήλ Τομπάζης κάλεσε τους αντιπροσώπους των επαρχιών της Κρήτης στο χωριό Αρκούδαινα (σήμερα Αρχοντική) για τη συγκρότηση ενός νέου τοπικού πολιτεύματος σε αντικατάσταση του Προσωρινού Πολιτεύματος της Κρήτης (Οργανικού Νόμου) και σύμφωνα με το αναθεωρημένο Προσωρινό Πολίτευμα της Ελλάδος που είχε ψηφιστεί από την Β΄ Εθνοσυνέλευση στο Άστρος τον Απρίλιο του 1823..

Τον Ιούλιο του 1823 κατέφθασε στο λιμάνι του Μεγάλου Κάστρου (Ηράκλειο) τμήμα του αιγυπτιακού στόλου υπό τον Ισμαήλ Γιβραλτάρ και αποβίβασε νέα στρατεύματα υπό τη διοίκηση του Χουσεΐν μπέη σε αντικατάσταση του Χασάν πασά που είχε πεθάνει. Η ανενόχλητη αποβίβαση στρατευμάτων από τη θάλασσα έδειχνε τη σημασία του θαλάσσιου αποκλεισμού για την επικράτηση της επανάστασης.

Οι αιγυπτιακές δυνάμεις υπό τον Χουσεΐν μπέη είχαν στρατοπεδεύσει στην Αγία Βαρβάρα με σκοπό να εκστρατεύσουν προς τα δυτικά. Ο Αρμοστής της Κρήτης, Υδραίος Εμμανουήλ Τομπάζης συγκέντρωσε οπλαρχηγούς από τα Σφακιά, το Ρέθυμνο και τη Μεσαρά για να χτυπήσει τους εχθρούς και να εμποδίσει την εκστρατεία τους. Οι επαναστάτες οχυρώθηκαν στο χωριό Γέργερη και στις 20 Αυγούστου 1823 ξεκίνησε άγρια μάχη. Και οι δύο πλευρές είχαν μεγάλες απώλειες και το επαναστατικό στρατόπεδο διαλύθηκε την επόμενη ημέρα.

Εκατοντάδες άμαχοι από τη γύρω περιοχή κλείστηκαν στο σπήλαιο «Γεροντοσπήλιος» στο Μελιδόνι Ρεθύμνου για να προστατευτούν από τις αιγυπτιακές δυνάμεις υπό τον Χουσεΐν. Μετά από πολιορκία μηνών, από τον Οκτώβριο του 1823 ως τον Ιανουάριο του 1824, και αφού οι επαναστάτες δεν κατόρθωσαν να απωθήσουν τα αιγυπτιακά στρατεύματα, ο στρατός του Χουσεΐν μπέη έβαλε φωτιά και με τον καπνό πνίγηκαν όλοι όσοι είχαν κλειστεί στο σπήλαιο.

Στην επαρχία Κισάμου Χανίων, στη νησίδα Ελαφονήσι κατέφυγαν εκατοντάδες άμαχοι για να σωθούν από τα αιγυπτιακά στρατεύματα που είχαν εκστρατεύσει στο νομό Χανίων, στην Κίσαμο και στο Σέλινο. Επέσαν όμως θύματα του οθωμανικού ιππικού που κατάφερε να περάσει τα αβαθή νερά και να εξολοθρεύσει τους καταδιωκόμενους.

Μετά την επικράτηση των αιγυπτιακών στρατευμάτων το 1824, ο Αρμοστής της Κρήτης, ο Υδραίος Εμμανουήλ Τομπάζης υποχρεώθηκε να αναχωρήσει από το νησί. Ζήτησε από τους επαναστάτες Κρητικούς να αντέξουν και υποσχέθηκε βοήθεια από την Κεντρική Διοίκηση στην Πελοπόννησο.

Το φρούριο στη νησίδα Γραμβούσα ήταν το δυτικότερο από τα τρία φρούρια σε νησίδες στρατηγικής θέσης, μαζί με τη Σούδα και τη Σπιναλόγκα. Οι επαναστάτες στην Κίσαμο αντιλήφθηκαν ότι το φρούριο δεν είχε επαρκή φρουρά και χρησιμοποιώντας τέχνασμα κατάφεραν να αιχμαλωτίσουν τον Οθωμανό φρούραρχο και να το καταλάβουν.

Οι επαναστάτες που οργάνωναν την άμυνα του μόλις κατειλημμένου φρουρίου της Γραμβούσας πληροφορήθηκαν ότι το φρούριο του Καστελίου Κισάμου στην απέναντι ακτή ήταν και αυτό άσχημα φρουρούμενο. Μετά την επίθεση των επαναστατών, οι λίγοι Οθωμανοί στρατιώτες τράπηκαν σε φυγή προς τα Χανιά και το φρούριο έπεσε ξανά, μετά το 1823, στα χέρια των Ελλήνων.

Η κατάληψη του φρουρίου Γραμβούσας σήμανε την αναζωπύρωση της επανάστασης στην Κρήτη. Η είδηση έγινε δεκτή με ενθουσιασμό στην Πελοπόννησο που δοκιμαζόταν από τις δυνάμεις του Ιμπραήμ. Η επαναστατική κυβέρνηση στις 19 Αυγούστου 1825 διόρισε προσωρινά μια τριμελή διοικητική επιτροπή στην Κρήτη από τους Γ. Καλλέργη, Π. Ζερβουδάκη και Κ. Κριτοβουλίδη με έδρα τη Γραμβούσα.

Η κατάληψη του φρουρίου Γραμβούσας σήμανε την αναζωπύρωση της επανάστασης στην Κρήτη. Η είδηση έγινε δεκτή με ενθουσιασμό στην Πελοπόννησο που δοκιμαζόταν από τις δυνάμεις του Ιμπραήμ. Η επαναστατική κυβέρνηση στις 19 Αυγούστου 1825 διόρισε προσωρινά μια τριμελή διοικητική επιτροπή στην Κρήτη από τους Γ. Καλλέργη, Π. Ζερβουδάκη και Κ. Κριτοβουλίδη με έδρα τη Γραμβούσα.

Οι αιγυπτιακές δυνάμεις υπό τον Μουσταφά πασά είχαν στόχο να εκδιώξουν τους ένοπλους επαναστάτες από όλη την Κρήτη. Για το λόγο αυτό επιτέθηκαν στα ένοπλα σώματα που βρίσκονταν στο Τηγάνι, στο ακρωτήριο που βρίσκεται απέναντι από τη νησίδα Γραμβούσα, το φρούριο της οποίας κρατούσαν από το καλοκαίρι οι επαναστάτες. Στο τέλος του 1825, η επανάσταση έμεινε ζωντανή μόνο στη Γραμβούσα.

Η Συνθήκη του Λονδίνου το καλοκαίρι του 1827 έδωσε νέες ελπίδες για την αναγνώριση ενός ελληνικού κράτους. Οι επαναστάτες της Κρήτης αναδιοργανώθηκαν για να συμπεριληφθεί το νησί στην Ελλάδα. Για το λόγο αυτό οργανώθηκε εκστρατεία στα ανατολικά και αποβιβάστηκαν στον Άγιο Νικόλαο πολλά ενοπλα σώματα και στρατοπέδευσαν στο Μοχό, τις Γωνιές και το Κράσι. Όμως οι οθωμανικές δυνάμεις συγκεντρώθηκαν στα Μάλια και κατάφεραν να διασκορπίσουν τους επαναστάτες.

Κατά το 1828 είχε ανάψει στην Κρήτη ο κλεφτοπόλεμος, δηλαδή γίνονταν πολλές μικρές συγκρούσεις μεταξύ χριστιανών και μουσουλμάνων. Ο οθωμανικός στρατός προσπαθούσε να κατασβήσει τις επαναστατικές εστίες. Ένα οθωμανικό απόσπασμα πήγε να πολιορκήσει την οχυρωμένη Μονή Οδηγήτριας που ήταν βάση των ντόπιων επαναστατών. Ο πρώην μοναχός Ιωάσαφ, γνωστός ως ο Ξωπατέρας, αντιστάθηκε μέχρι τέλους στην επίθεση και πέθανε με το σπαθί στο χέρι.

Οι επαναστατικές δυνάμεις μεταφέρθηκαν από τη Γραμβούσα στα Σφακιά για να συνεχίσουν τον αγώνα από εκεί. Είχε αφιχθεί με μονάδα ιππικού και ο ηπειρώτης αγωνιστής Χατζή Μιχάλης Νταλιάνης και είχε οχυρώσει το παλιό ενετικό φρούριο Φραγκοκάστελο. Ενώ συγκεντρώνονταν επαναστατικές δυνάμεις από την υπόλοιπη Κρήτη, ο Μουσταφά πασάς πολιόρκησε το κάστρο, αφού οι επαναστάτες αρνήθηκαν να αποχωρήσουν. Στην αιματηρή μάχη γύρω από το κάστρο στις 17 Μαΐου 1828, χάθηκαν πολλοί και ανάμεσά τους ο Χατζή Μιχάλης Νταλιάνης.

Μετά την επικράτηση στο φρούριο του Φραγκοκάστελου, τα οθωμανικά στρατεύματα στράφησαν προς τον Πατσιανό, όπου είχαν οχυρωθεί επαναστάτες. Η πολιορκία διήρκεσε αρκετές ημέρες ενώ άλλοι ένοπλοι προσπαθούσαν να προσεγγίσουν την περιοχή και να συνδράμουν τους πολιορκημένους. Τελικά, στις 24 Μαΐου μετά από διαπραγματεύσεις, οι πολιορκημένοι αποχώρησαν προς τα Σφακιά με τα όπλα τους και τους τραυματίες, αφήνοντας πίσω τα κανόνια και τους ομήρους.

Τα οθωμανικά στρατεύματα αποχώρησαν από το Φραγκοκάστελο προς τα ανατολικά. Οι επαναστάτες έστησαν ενέδρα στα δύσκολα περάσματα της Σκαλωτής και προκάλεσαν σημαντικές απώλειες στις 28 Μαΐου. Την επόμενη ημέρα, στη θέση Κόρακας του χωριού Ροδάκινο, όπου θα στρατοπέδευαν οι Οθωμανοί, μια νέα επίθεση τους προκάλεσε ακόμη μεγαλύτερες απώλειες έως ότου καταφέρουν να αποχωρήσουν.

Μετά την έναρξη του ρωσοτουρκικού πολέμου την άνοιξη του 1828, οι επαναστάτες ανασυγκροτήθηκαν και ξεκίνησαν επιθέσεις εναντίον των οθωμανικών στρατευμάτων. Την 1η Αυγούστου 1828 στα χωριά Πρόβαρμα και Μαλάξα, στους πρόποδες των Λευκών Ορέων εξεδίωξαν τα οθωμανικά στρατεύματα και κατέλαβαν τις οχυρές αυτές θέσεις.

Μετά τις νέες νίκες των επαναστατών στο νομό Χανίων, κυρίως γύρω από τα Λευκά Όρη, οι μουσουλμάνοι των εκεί επαρχιών κλείστηκαν στο φρούριο των Χανίων με τις οικογένειες τους. Με αυτόν τον τρόπο, στις 2 Αυγούστου 1828 το φρούριο του Καστελίου Κισάμου θα πέσει για άλλη μια φορά στα χέρια των επαναστατών, οι οποίοι θα το κρατήσουν αυτήν τη φορά ως το τέλος της επανάστασης στην Κρήτη.

Στο πλαίσιο της αναζωπύρωσης της επανάστασης στην Κρήτη, ανασυγκροτήθηκε το καλοκαίρι του 1828 το Κρητικό Συμβούλιο, που είχε πρωτοσυγκροτηθεί στη Γραμβούσα. Στο χωριό Τζιτζιφές Αποκορώνου και με την παρουσία του βαρόνου Φρίντριχ Έντουαρντ φον Ράινεκ, απεσταλμένου του Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, συγκεντρώθηκαν αντιπρόσωποι από σχεδόν όλες τις επαρχίες του νησιού και συγκρότησαν το Κρητικό Συμβούλιο ως πολιτικό θεσμό διοίκησης των επαναστατημένων περιοχών της Κρήτης.

Στις 15 ή 16 Αυγούστου 1828, μια ομάδα επαναστατών πραγματοποίησε ενέδρα εναντίον ένοπλων μουσουλμάνων και τους εκτέλεσε. Ανάμεσα στα θύματα ήταν και ο σερασκέρης Ιμπραήμ Αγριολίδης, επικεφαλής δηλαδή των τουρκικών σωμάτων των ανατολικών επαρχιών. Η δολοφονία του Ιμπραήμ Αγριολίδη πυροδότησε εκτεταμένα αντίποινα στο Ηράκλειο, στις ανατολικές επαρχίες και στο Ρέθυμνο.

Η δολοφονία του επικεφαλής των τουρκικών σωμάτων των ανατολικών επαρχιών Ιμπραήμ Αγριολίδη πυροδότησε εκτεταμένα αντίποινα στο Ηράκλειο (στις 24 ή τις 25 Αυγούστου), στις ανατολικές επαρχίες και στο Ρέθυμνο, με αποτέλεσμα τις αντιδράσεις των Μεγάλων Δυνάμεων. Στο Ηράκλειο, παρά την αντίδραση του ντόπιου Σουλεϊμάν πασά, μουσουλμανικός όχλος δολοφόνησε εκατοντάδες χριστιανούς μέσα στην πόλη του Ηρακλείου και στα γύρω χωριά.

Η δολοφονία του επικεφαλής των τουρκικών σωμάτων των ανατολικών επαρχιών Ιμπραήμ Αγριολίδη πυροδότησε εκτεταμένα αντίποινα στο Ηράκλειο, στις ανατολικές επαρχίες και στο Ρέθυμνο, με αποτέλεσμα τις αντιδράσεις των Μεγάλων Δυνάμεων. Στο Ρέθυμνο, ντόπια μουσουλμανικά άτακτα σώματα με επικεφαλής τον Αλμπάνη εξόρμησαν στα γύρω χωριά, όπως στο χωριό Αρχοντική, διενεργώντας σφαγές.

Το φθινόπωρο του 1829 διορίστηκε ως αντιπρόσωπος του Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια στην Κρήτη ο Νικόλαος Ρενιέρης. Φτάνοντας στην έδρα του Κρητικού Συμβουλίου στο χωριό Μαργαρίτες συγκρότησε τρεις επιτροπές, δυτική, κεντρική και ανατολική για να οργανώσουν τις επαρχίες πολιτικά, οικονομικά και στρατιωτικά.

Παρά την Επανάσταση στην Κρήτη από το 1821 ως το 1830, το νησί δεν συμπεριλήφθηκε τελικά στο ανεξάρτητο ελληνικό κράτος και παραδόθηκε στην εξουσία του Μοχάμεντ Άλι της Αιγύπτου για τις υπηρεσίες του στον σουλτάνο κατά τη διάρκεια της Επανάστασης. Το Κρητικό Συμβούλιο διακήρυξε προς τους ελεύθερους Έλληνες τους αδιάσπαστους δεσμούς της Κρήτης με την Ελλάδα και διαμαρτυρήθηκε για τις αποφάσεις των Μεγάλων Δυνάμεων και την τύχη της Κρήτης.

Παρά τις επίμονες προσπάθειες των χριστιανών της Κρήτης, το νησί δεν συμπεριλήφθηκε στο ανεξάρτητο ελληνικό κράτος που δημιουργήθηκε με την Επανάσταση του 1821. Αφού αποβιβάστηκαν αιγυπτιακά στρατεύματα και το νησί αποκλείστηκε από τους στόλους των Μεγάλων Δυνάμεων, η επανάσταση έσβησε κατά τη διάρκεια του 1830 και στο τέλος του έτους αυτού το Κρητικό Συμβούλιο, η ηγεσία δηλαδή της επανάστασης στην Κρήτη, διαλύθηκε στην τελευταία έδρα του, το χωριό Μαργαρίτες ενώ ο τελευταίος απεσταλμένος της ελληνικής διοίκησης Νικόλαος Ρενιέρης είχε ήδη αναχωρήσει από το νησί.